宽容令发布后约十年，君士坦丁大帝就采行基督教。由这重大的决议就使一千年中理性受着束缚，思想被奴役，而知识无进步。 基督教被禁止的二百年中，基督教徒都主张宽容，他们的理由是：宗教信仰应该是自愿的，而非可以强制的事。及至他们的信仰成了有势力的教条，又有国家的势力作其后盾，他们就舍弃这种见解了。他们极力企图将人们对于宇宙神秘的意见造成完全的一致，并采取一种切实的压迫思想的政策。罗马诸帝和政府的采取这种政策，一半是由政治的动机；恐怕宗教的派别分歧，对于罗马的统一不利。但根本的原因是在“只有在基督教会里才得救渡（Salvation）”的那种教义。而“不信仰基督教会的教义的人要永落地狱”和“上帝对于神学的谬说认为最可憎的罪过”那样宽广的断定，自然要引起逼害。基督教徒目睹他们自身永恒的利益要受危害，以致认为责人以此种惟一的真教义而阻止谬说的流行成了他们的义务。异教徒比通常的罪犯罪过为重，而人们所能加于他们的刑罚比之将来到地狱中所受的痛苦，真算不得什么一回事。主张宗教的谬说的人虽有美德，也是万能的上帝的仇敌，铲除世间这样的人自也是应尽的义务。他们是不能因有美德而得赦免的。我们又须记着，依照基督教徒的仁慈的教义说来，只是俗人的异教徒，其美德即是恶行，未受洗礼而夭折的婴孩要在地狱的地板上爬行，以消磨他一身所余的时间。由这些见解而起的偏执行动，其性质和程度自与其他任何的事都不同了。 造成基督教不宽容主义的，除它的教义的论理外，还有它的圣书的性质，也是要负一部分责任的。不幸的是，最初的基督教徒将犹太教的著作也收入在他们的圣书里面，这些著作表现文化幼稚时代的观念和野蛮的习气。那些残酷暴虐和固执的教训和行为榜样而为旧约驯服的读者因深信其灵感而不敢加以訾义者，因其败坏人们的道德而使人类所受的损害，简直是不可胜计的。基督教圣书是一个逼害主义的“兵工厂”。原来圣书都是道德和理智进步的障碍物，因为它们都是尊过去某时代的思想为神圣，认为那时代的风俗是神定的。基督教既采用远古的著作，就不啻将一个非常龌龊的障碍物置于人类发展的途程中了。我们不免要怀想：假使基督教徒当初把耶和华摈除于他们的思想之外，而否认旧约的灵感，以新约为满足，那么，人类的历史或有别样的局面——这实是无疑的。 在君士坦丁及其后诸帝时代，敕令先后发布，禁止对于旧时非基督教的诸神的信仰及非基督教的诸教派。在位未久（三六一－三六三）的背教者朱理安（Julianthe Apostate）曾设法恢复旧时的制度，宣布普遍宽容的政策，惟禁止基督教徒在学校中宣传教义，使立于不利的地位。这不过是一时的遏制罢了。后来异教的势力终因狄奥多西（Theodosius）（四世纪之末）的严厉法律而瓦解了。虽然它在各地，尤其罗马和雅典，还留存有一个世纪，但已经不发生影响了。其时基督教徒多注意于内部的争执，而不甚注意于扑灭古代精神。西班牙异教徒普立息力安（Priscillian）的处决（四世纪）是对于异教徒处以死刑的开端。有趣的是，这时代有一个非基督教徒的提密斯替阿（Themistius）劝告基督教徒须保持容忍的态度。他曾上书于瓦林斯（Valens）帝，请求他取消各种禁止他所不赞成的基督教的敕令，并陈述一种宽容主义。“个人的宗教信仰是一个政府的权威不能发挥效力的领域”，“屈从只能弓引起虚伪的自白。各种教条，均应许其自由流传；政府对于正教和异教，应一体看待，只以公共幸福为依归。上帝自身也是明白表示他愿接受各种形式的礼拜；有许多途径都可达到上帝之前。” 奥古斯丁（死于四三O年）是最受尊规而享权威最高的教父。他制定了逼害的公则，以为后世的向导，他的坚实的根据就在圣书中耶稣基督于某寓言中所用的“强迫他们进来”（Compelthemto come in）一语，其后一直到十二世纪之末，基督教会总是极力压迫异教徒。逼害的事件层出不穷，但都是无系统的，我们很可以说，排斥异教大都是因俗世的利益而起，至遇着异教教义势力泛滥致有截留教会收入或要颠覆社会的危险时，方始采取严重的行动。十二世纪之末，英诺森第三（InnocentⅢ）做了教皇，即在他的统治之下，西欧的基督教会的势力达到了极点。他和直接继承他的诸帝是希冀并开创一种有组织的运动以扫除异教徒于基督教国土以外的负责人。法国西南部的朗格多克（Languedoc）多为异教徒所居住，他们的思想被视为特别危险的东西，称做亚尔比派（Albigeois），他们隶属于图卢兹（Toulouse）伯爵，并且是勤劳而可敬的人民。但教会从这反对教士的人民所得的收入简直太少了，英诺森就命令伯爵灭尽境内所有的异教徒，及闻伯爵不服命令，就成立了一部攻击亚尔比派的十字军，凡愿急来相助者，即赐以与十字军战士相等的酬报，包含罪恶的赦免在内。于是就起了接二连三的血战。妇男童女之被焚死和绞死者不可胜计，此役英人蒙福尔（Simonde Montfort）亦曾参与，异教思想虽未能根本铲除，但人民所有的反抗都被攻破了，到一二二九年，伯爵完全屈服，战争才终止了。这事的要点是：基督教会于欧洲公法中加入了一种新规定，就是君主要保持君位，必得以歼灭异教徒为条件。一旦教皇命令施行退害而有迟疑之态者，即有所处置；他的地产须给没收；他的领土即归替教会攻击他的人所有。由是教皇就创立了一种神权政治制度（TheocraticSystem），在这种制度之下，保持基督教的纯一是神圣的责任，其他的一切事务都是附属的罢了。 但要根本铲除异教，必得觅得它所在的秘密藏身所。亚尔比派虽被剿灭，但亚尔比派教义的流毒尚未绝迹。一二三三年，教皇格列高里第九（GregoryⅨ）就创立了一种搜索异教徒的有组织的制度，即所谓“宗教裁判所”，及英诺森第四一二五二年的敕书布出，其体制遂臻完备，该敕书上规定这种逼害机关是“各城各邦的社会建筑物中不可缺少的一部”。这压迫人们宗教意见的自由的强有力的机关在历史上是独一无二的。 自此以后，教会里的新职务非主教所能独力担任了，有教会的各区域，都派选相当的僧侣，并授以代表教皇之权，以便搜捕异教徒。这些裁判官有无限的权威，不受任何人的监督，又不对任何人负责。当时世俗的君主各有禁止异教的残酷的立法，否则这种制度也是不易成立的。罗马帝腓特烈第二（FrederickⅡ）自身本是一个纯粹的自由思想家，对于在意大利和日尔曼的大领域，却施行许多律例（一二二0年至一二三五年之间），规定凡异教徒均认为犯法者，若不悔罪归正，即处以火刑，悔罪者亦加以监禁，如再背教，则处以死刑；于是财产没收，房宅拆毁，其儿女，若非背叛乃父或指控其他异教徒，则无服官受禄之权。 腓特烈的法律认为火刑是对待异教徒的适当刑罚。这种死刑施于异教徒似乎起于法国某王（一O一七）。我们须知道，在中古时代及其后许多时，对于各种罪犯都施以极残酷的刑罚。英国亨利第八时代有一个犯毒杀案者是被烹死的。信从异教是一切罪犯中最可憎的罪犯；对异教徒劝告就等于劝告地狱中的罪犯。严禁异教徒的各种残酷的法律又为人民公共意见所极力拥护。 后来宗教裁判所完满发展，遍布于西部各基督教国，好似一个网，其密密的网眼是异教徒所万难逃脱的。各国的裁判官又互相合作，互通声气，“全欧洲大陆的法庭有一个链子连系着。”英国初未采用这种制度。但自亨利第四和亨利第五时代以后，政府就制定了一种特别律例，以火刑压迫异教徒（制定于一四OO年；取消于一五三三年；恢复于玛丽时代；最后取消于一六七六年）。 宗教裁判所强迫信仰统一的事业在西班牙成功最大。西班牙于十五世纪之末制定了一种制度，自身有种多特点，很不容忍罗马的干涉。西班牙的宗教裁判所（延至十九世纪始取消）的成绩之一是驱逐摩尔人（Mariscos）于境外，因为他们保持着许多回教（Mohammedamism）的旧思想和旧习惯。又传曾扑灭犹太教，又曾防御新教教士的宣传。但我们没有证明可以相信曾有防御新教之事发生过，因为新教思想的种子果真传播到了西班牙，那么，它们一定是落在不合宜的土壤里而丧命了，这是很可能的事。思想自由在西班牙是绝对被压迫的。 灭绝异教最有效的手段之一就是《信仰令》（Edictof Faith），该令所以招募人民服务于宗教裁判所者。并责令个个人民都担任告发人。由是宗教裁判所不时地在各区巡视，发布敕令，命令凡知道关于异教的事。须前来直陈，否则受俗世的和宗教的科罚。结果。无人能逃得邻人甚至家人的怀疑。“这是用以屈服全体人民，麻痹他们的理解力，和强制他们盲从的空前的巧妙手段。它使告发成为了高尚的宗教义务。” 在西班牙。审判被控为异教徒的人的程序中，绝无合理的方法以检验事实的虚实。被拘禁者既被判为有罪，则证明他无罪的责任就只在他自己一人身上；裁判官实质上就是起诉人。凡是反对他的证人，纵使名声再坏，都为法庭接受。逼害一方证人的规定是很宽松的；辩护一方证人的规定却是很严紧的。犹太人，摩尔人和仆役只可举出反对被拘禁者的证明，但不能举出为他辩护的证明，这条例也适用于亲属之间，至第四属（thefourthdegree）为限。宗教裁判所所根据的原则是：一百个无罪者受了害，比较一个有罪者的逃脱要好些。曾有功于宗教裁判所者往往得着宽纵。但宗教裁判所本身未尝判断死刑，因为教会不能担当流血的罪责。教会的裁判官既宣布被拘禁者是无望改宗的异教徒之后，再交与（公文上谓之“宽纵”他）俗界的当局，要求并委托地方官“仁慈而宽和地处置他”。但这形式的要求宽和，又不能为俗界官吏所接受；他不问皂白，惟有置之死地；不如是，那么，他就是异教的提倡者了。依照教会法律（TheCanon Law），各国王和各官员均须及时地、迅速地处罚宗教裁判所交与的异教徒，否则逐出教会之外。我们所要注意的是：因火刑而致死者的数目，普通人的想像中是大大地夸大了的，但因此种制度而致的痛苦和几于丧命的科罚的总数是夸张不了的。 基督教会所用于这些逼害中的法庭诉讼程序，其败坏欧洲大陆的刑事法律的影响甚大，宗教裁判所历史专家李（H．Lea）说道：“宗教裁判所所惹起的灾害中，这可算是最大的了——这最初为铲除异教徒而推广的刑事诉讼程序一直到十八世纪之末在欧洲的大部分一直是处置所有被控者最通常的方法。” 吉本所谓“以残暴手段为无稽之谈辩护”的宗教裁判官往往被视为怪物。我们不妨为他们和行使他们的意志的国王辩说，他们并不坏似那初民时代以生人祭神的僧侣和君主。希腊王阿迦门农（Agamemnon）曾以女易菲吉尼亚（Iphigenia）为牺牲品而求宠于神，他或是最慈爱的父亲，劝告他这样做而目睹了这一切的人也可能是最完善的人。他们只知依照信仰做事。所以在中古时代及其后来的时代，有温和性情和道德热忱的人却绝对缺乏对于犯疑的异教徒的仁慈心。对异教的仇视是传染性的病菌，是惟有基督教能救渡的那种教条所造成的。 我们又知道这教条又伤害了真理的辨别。当一个人的永久命运处于危险中的时候，似乎显然应该并且有权使用任何的方法以确定一种真实信仰——即使那是虚假的和伪托的，也是不顾的。所以对于杜撰的奇迹或任何虚构的寓言都能深信不疑。无成见的真理鉴别，是到十七世纪才发生的。 一方面，这种原则与罪恶，地狱，最后的审判等教义相结合而造成了上述的这些结果，另一方面、基督教中又有许多教义和思想造成抵抗知识进步的坚实壁垒，雍塞了中古时代科学的道路，又阻挠了十九世纪后半期以前的科学的进步。在各种重要的科学研究中，地盘总为基督教会根据圣书的不可侵犯的权威而断以为真的谬说所占据着。犹太纪籍中的“天地创造”和“人类堕落”之说不可思议地与基督教的赎罪之说有密切的关系，均拒绝地质学，动物学和人类学的自由探讨。推敲圣书的文字，便可知道它包含了一种认识，谓太阳绕地球而行。基督教会向来排斥对蹠说（Theoryof antipodes），控告塞尔维塔斯（Servetus）（十六世纪中被火刑而死，参看后六五页）的理由之一是因为他相信一个希腊地理家的话，谓犹太只是一片不毛之土，虽则依圣书中所描述是一个泛滥着牛乳和蜂蜜的国度。希腊医生希波克拉底的医药学和病症学都曾以经验和系统的研究作根据。到了中世纪，人类又回复到野蛮时代的原始思想了。对于身体的疾疫，归于不可知的主宰——恶魔的恶意或上帝的激怒。奥古斯丁谓基督教徒的各种疾病是魔鬼所造成，路德也同样地归咎于撒但的作弄。超自然的因所造的果当以超自然的救治法来制服，这是理所必然了。又有购买带着神怪力的圣徒遗物的大交易，于是教会又得收人大宗的进款。医生是常在邪术和背教的嫌疑中。解剖术是被禁止的，一半或因形体复活之说所致。十八世纪中教士的反对接种就是中世纪疾病观的恢复。化学（炼金术）被认为魔术，至一三一七年，教皇遂下令严禁之，十三世纪中，罗吉尔·培根的长期囚禁足以证朋中古时代对于科学的不信任，他虽自认忠心于正教，但他有一种令人不安的科学探讨本能。 即使这种根据神学理由对于科学的不信任未曾流行，关于自然界的知识仍无甚进步，那也是可能的事，因为在基督教得势之前，希腊的科学已停步五百年了。重要的科学发现，在纪元前二OO年即告中止。要解释这种衰落是不易的事，但我们不难从考察希腊和罗马的社会状况而得一个结果。我们可以推想：中世纪的社会状况一定是不利于科学的精神——一切事实的无成见的探讨——即使支配当时的信仰不仇视它，也一定如此。我们又可推断：若非新的社会状况达到了某种成熟程度，科学的再生无论怎样是要耽搁的一一所以到十三世纪才能实现（参看下章）。及中世纪过去之后，神学的成见才由它的余焰残伤过知识，换句话说，因基督教而致成的损失，在科学已复生而不可遏止时的阻挠者多，而在间隔于古代文化与近代文化中间的黑暗期的妨碍者少。 中古时代对于巫术、魔术和恶魔的坚定信仰是从古代遗传下来的，不过到这时更形黑暗了，将世界造成了恐怖的世界。人人都相信他们的周围有许多恶魔监视着，得着机会就要伤害他们，而瘟疫、风潮，日蚀、饥馑等都是魔鬼的作祟；但他们又同样地坚信这些魔鬼惟有教会的仪式才能克制。有些最初的基督教帝王曾下令禁止魔术。但在十四世纪以前，从未有铲除巫术的系统方法。十四世纪蹂躏欧洲的可怕的传染病一一即黑死病（Blackdeath）——似乎使不可见的恶魔世界的作祟加倍可怕了。由是审判巫术的案件日多一日，自后三百年中，搜索巫术，刑戮巫人——大都是妇女——就成了欧洲文化显著的一个特征。其说法与逼害都是圣书上所拥护的。“你不得容忍着巫人而生存于世”，是这最高权威的明白告诫。教皇英诺森第八为这事曾发有敕令（一四八四），中谓一切灾祸和风潮都是巫人们作弄所致，而最有才能的人也都相信他们的魔力的真实。 没有什么故事比对于巫人的逼害更悲惨些．而最残暴的莫若英吉利和苏格兰。著者所以叙及此事者，因为它是神学的直接结果，又因为将这长期恐怖了结者正是唯理论，这是后面要叙述的。 在这时期里。基督教会的势力既达到了极点，所以理性就被禁锢在基督教设为束缚人心的牢狱里。理性并非真正不能活动了，只是它的活动取了异教的形式；用比喻来说，就是折断铁链子的人大都不能爬出牢狱之壁；他们的自由限定的信仰范围，与正教一样，都要以基督教神学为依据。这个公例也有几个例外。到了十二世纪之末，就有一个刺激物从另一世界来了。那时西部基督教国家的知识阶级已知道亚里士多德的哲学了；他们的教师是犹太教徒和回教徒。回教徒中有一部分是自由思想者，其所以能如是者，因为他们已知道了古希腊的思想。自由思想家阿威罗伊（十二世纪）脱胎于亚理士多德哲学的著作在基督教诸国中传布了唯理论的微波。阿威罗伊主张物质的永存性而否认灵魂的不灭；就他的全般思想看来，可称为泛神论（Pantheism），但他又要避免与正统的回教当局的冲突，因而又倡二重真理说（Doctrineof double truth），就是承认两个独立而相反的真理同时并存，一个是哲学的，一个是宗教的。可是他并未因提倡此说而得免于西班牙王庭的驱逐。由他的学说，在巴黎大学里发生了一派的自由思想家，他们主张天地创造，形体复活，及其他主要的教条可以从宗教的见地看来是正确的，而从理性的见地看来是谬误的。稍稍明白的人总可看出这恰似一个人说道：灵魂不灭说在星期日是正确的，但在别的日子是假的，或使徒信条（Apostles，Creed）在会客室里是真的，但在厨房里是假的。这种危险的运动后来被教皇约翰二十—所扑灭，遗下的二重真理说也为他所禁止，阿威罗伊的思想和类似思想的流传引起了托马斯（死于一二七四年）的神学，他是一个精细的思想家，生于意大利南部的阿奎那（Aquino），他的心有归依怀疑论的自然偏向。他将一向为非基督教者的指导者的亚里士多德列入正统派方面，创造了一种智巧的基督教哲学，至今仍为罗马教会中的权威。但亚里士多德和理性都是信仰的危险的同盟者，托马斯的论文不是以种种解答安定怀疑者，更多地反倒是提出很有力量的疑问，扰得信仰者不宁。 这时一定也有些秘密的怀疑思想散布各地，不过总未引起什么严重的后果罢了。在十三世纪中有一种亵渎神圣的言论流行者，谓世人受着三个欺骗者的迷惑，就是摩西．耶稣和穆罕默德，所以致此者，是由于能自由思想的腓德烈第二（FrederickⅡ）（死于一二五零年）之力，他曾被称为“第一个近代人”。有一个年代同样久远的“三戒指”（ThreeRing）故事也是表现这相同的观念的，不过稍微温和些，有一个回教国王蓄意要勒索一个发财的犹太人的金钱，乃把他召至宫中，并为他设置了一个陷讲。国王道：“吾友，我时常听说你是一个很聪明的人。所以请你告诉我犹太教、回教、基督教三教中你相信那一教是真的。”这犹太人目睹陷阱在旁，因而答道：“我主，从前有一个富人，他的宝库中有一只价值非常大的戒指，他要将他传给他的子孙，做一个永久的传家宝。因此他立了一个遗嘱，说无论他的哪个儿子，若能接受到那只戒指，于他死后就得立为后嗣。接受那戒指的儿子又和他的父亲一样地做法，于是戒指就一代一代地传下来了。最后，得着那戒指的人有三个儿子，他对于那三个儿子一样地喜爱。他因为不能决定将戒指传给谁，就对个个儿子都私许了，一面为要使他们个个满意，就命令一个金工另造了两只戒指，与那真戒指丝毫不爽，连他自己都不能分别。他临死时对个个儿子都给了一只戒指，因而个个儿子都要求立为后嗣，但都不能举出他应立的证明，因为他们的戒指丝毫不能区别，于是这争讼到现在总未能决定。我主，这三教的情形也正是如此，都是上帝赐与这三种人民的。他们各以为他们的教是真教，但究竟谁的教是真教，是一个疑问，就如那三个戒指的疑问一样，到现在也不能决定呀！”这怀疑思想的故事在十八世纪中甚为著名，当时德国诗人莱辛曾根据这故事作了《圣者拿单》（Nathanthe Sage）一剧，那是志在表示不宽容之不合理的。
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